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En la actualidad se ofrece la Maestría académica y la Maestría Profesional. En la primera el estudiante completará la totalidad de cursos y actividades del plan de estudios; tendrán una fase teórica de 30 créditos en cursos y una fase de investigación de 30 créditos. La modalidad del trabajo final de graduación incluye la aprobación del examen de candidatura y la culminación la fase de investigación con la defensa pública de la tesis. La tesis tiene un valor de 30 créditos.
| I NIVEL |
| PRIMER TRIMESTRE |
| Bioética fundamental |
| Teorías y sistemas éticos |
| Curso optativo (únicamente para la Maestría profesional) |
| SEGUNDO TRIMESTRE |
| Métodos de la bioética |
| Bioderecho |
| Curso optativo (únicamente para la Maestría profesional) |
| TERCER TRIMESTRE |
| Bioética clínica |
| Ética de los confines de la vida |
| Curso optativo (únicamente para la Maestría profesional) |
| II NIVEL |
| CUARTO TRIMESTRE |
| Ética aplicada y alta tecnología |
| Curso optativo |
| Curso optativo (únicamente para la Maestría profesional) |
| QUINTO TRIMESTRE |
| Metodología de la investigación |
| Ética de la investigación con seres vivos |
| Pasantía I (únicamente para la Maestría profesional) |
| Pasantía II (únicamente para la Maestría profesional) |